Primer Design Tutorial

Primer sono brevi pezzi di DNA usato in una tecnica biologica conosciuta come la reazione a catena della polimerasi ( PCR ) . PCR è utilizzato dai biologi molecolari per amplificare sequenze geniche per più sofisticate analisi scientifiche , come il sequenziamento del DNA , la clonazione o varie applicazioni biotecnologiche . Progettazione Primer è un'abilità che deve essere padroneggiata da chiunque voglia studiare i geni , e richiede una solida comprensione della biologia e della genetica . Anche se le regole per la progettazione di primer sono relativamente semplici , la complessità della genetica , piattaforme sperimentali e sistemi informatici hanno portato a centinaia di programmi software avanzati che possono essere utilizzati per la progettazione di primer . Istruzioni
Primer Design Tutorial
1

Ottieni la tua identità gene per il database Entrez Gene . Cerca l'identità " RefSeq " del gene semplicemente inserendo il nome del gene nella casella di ricerca . Ottenere l'identità RefSeq cDNA del gene prescelto ( ad esempio, " NM_136342 " ) .
2

Scarica la sequenza " FASTA " . Questo è il contenuto nucleotide del gene rappresentato come alfabeti ed è fondamentalmente un file di testo . Cercare la " maggiore di" simbolo ( & gt ;) , che segnala l'inizio della sequenza genica . In entrambi i casi , selezionare , copiare e incollare l' intera sequenza oppure fare clic sul pulsante " Download" per recuperare al computer .
3

Ottenere la sequenza del gene . Vai alla BLAT o BLAST sito web ( genome.ucsc.edu/cgi - bin/hgBlat ) e incollare la sequenza FASTA formato nella casella di ricerca . Fare clic su "Invia".
4

Utilizzare uno strumento di progettazione di primer professionale . Questi includono software come il perlprimer liberamente disponibile , o quelli più sofisticati , ma commerciali come VectorNTI e MacVector . In perlprimer ( perlprimer.sourceforge.net/) , semplicemente caricare il tuo sequenza nel software e fare clic su " Trova primer . "
5

Controllare il primer . Si dovrebbe vedere in avanti e indietro primer ( "coppie di primer ") , con posizioni numeriche sulla sequenza , lunghezze di primer , temperatura di fusione e la sequenza completa di primer . Verificare che le coppie di primer tutte le regole di progettazione di primer , come debole formazione di Primer - dimero , la presenza di un morsetto GC a tre prime- end ( 3 ' ) del primer , e che almeno un primer è stato trovato che attraversa un confine introne - esone .
6

Verifica dei prodotti generati dai primer . Esecuzione di una PCR elettronica ( ad esempio , di NCBI ePCR ) per controllare i tipi o le proprietà dei prodotti genici prodotte da primer durante una reazione di PCR simulato .