Strumenti per allineamento di sequenze multiple

allineamento di sequenze multiple ( MSA ) è una computazionale , procedura bioinformatica in cui almeno tre proteine ​​, DNA ( acido desossiribonucleico ) o RNA ( acido ribonucleico ) sequenze sono allineate tra loro . Questo produce un pattern visivo in cui le sequenze che sono presenti in un insieme di sequenze diventano abbinati in un unico blocco di colore . Di solito , le sequenze vengono da organismi o specie diverse , permettendo così il bioinformatico per determinare se e che tipo di relazione esiste tra le sequenze , se ci sono mutazioni o se ci sono strutture caratteristiche . ClustalW2

ClustalW2 è un programma MSA progettata esclusivamente per l'analisi delle proteine ​​o DNA , non RNA . Si è ospitato dalla European Bioinformatics Institute ( EBI ) e viene fornito sia come forma di pagina web o scaricato come un pacchetto software . Si tratta di uno dei software più utilizzati MSA , con molti quelli più recenti scritti sulla base ClustalW , la versione originale . ClustalW2 permette agli scienziati di ingresso fino a 500 o 10 MB di sequenze in formati come FASTA , RSF , EMBL , Swiss- prot ( o UniProtKB , EMBL) e GDE . Una gamma di opzioni di analisi è disponibile ; per esempio , l' utente ha la possibilità di eseguire " Full" o allineamenti "veloci" , o generare risultati " e-mail " " interattivi" , e produrre solo MSA o anche alberi filogenetici ( un diagramma raffigurante relazioni evolutive ) .

Istituto europeo di bioinformatica

Wellcome Trust Genome Campus

Hinxton

Cambridge

CB10 1SD

Regno Unito

011-44-1223-494-444

ebi.ac.uk
T - caffè

anche un software MSA molto popolare ospitata da EBI , T - caffè permette all'utente di utilizzare sequenze ottenute da una varietà di fonti ( ad esempio , Blast , Fast ) , o allineamenti di diversi programmi (come ClustalW2 , dialign ) .T -Caffè combina tutto ciò che è previsto e genera una nuova MSA con la corrispondenza più vicina e la più accurata tra i vari formati . L'utente può scegliere tra l'utilizzo di strumenti statistici noti come matrici di punteggio (come PAM o Blossum ) per analizzare i risultati della MSA , che sono un metodo statistico per determinare la presenza di un allineamento tra sequenze , e determinare se questo allineamento è significativo o semplicemente un artefatto .

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Cambridge

CB10 1SD

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SAM

SAM è un allineatore multiple- sequenza per le proteine ​​che consente a qualsiasi tipo di struttura delle proteine ​​( ad esempio , beta strand , alfa elica , coil) deve essere determinato da un allineamento di serie di sequenze proteiche . Queste sequenze possono poi essere utilizzati per verificare se le proteine ​​sono legati ( cioè, sono omologhi ) , se gli omologhi sono stati strutturalmente validati e che gli organismi che possono provenire da . SAM utilizza la Hidden Markov Model , un modello statistico complesso ampiamente utilizzato in biologia , come base del suo algoritmo .

biomolecolare

University of California , Santa Cruz

Santa Cruz , CA 95064

soe.ucsc.edu

831-459-4250