Come determinare una struttura proteica dal sequenziamento del DNA

La determinazione della struttura multidimensionale di una proteina attraverso il sequenziamento del DNA è anche conosciuta come la struttura delle proteine ​​previsione e richiede la conversione della sequenza di DNA della proteina nella sua sequenza aminoacidica . Il processo richiede una solida conoscenza di cellulare molecolare e biologia delle proteine ​​, nonché una familiarità approfondita con i metodi della biologia computazionale come la programmazione UNIX . Inoltre , esso richiederà una formazione completa in pacchetti software o codici sorgente utilizzati in armadio di previsione e di sequenza analysis.Things Hai bisogno
Diversi computer con diversi sistemi operativi ( Unix, Windows , ecc )
Accesso alla sequenza della proteina database
Accesso ai pacchetti software scelti o quelli elencati nell'articolo

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ottenere sequenze di DNA - esistono molte banche dati che hanno acquisito , commentato e assemblato l' dati prodotti da centinaia di esperimenti di sequenziamento . Questi includono TrEMBL e SWISS- PROT , che dovrebbe essere utilizzato per ottenere sequenze di DNA ( sotto forma di un formato di banca dati di proteine ​​, o un file PDB
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Interrogare sequenze - Cercate omologia tra la proteina di interessi e altri con strutture note e sperimentalmente validati . FASTA e software PSI - BLAST pacchetti possono essere utilizzati per questo . Confrontare i vari parametri generati dal confronto , come l'e- valori , che è un indicatore di significatività statistica di questo set di dati .

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allineamento strutturale - Allineare la sequenza della proteina di interesse con diverse altre proteine ​​utilizzate nella Fase 2 Poiché queste altre proteine ​​erano già sperimentalmente dimostrato di avere determinate caratteristiche strutturali , ad esempio alfa eliche o foglietti beta , questi verranno annotati all'interno delle loro sequenze e possono essere utilizzati per identificare le regioni identici o simili . Determinare tutte le strutture secondarie presenti nella sequenza di interesse e annotare queste regioni .
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Modello costruzione - un modello modello è costruito sovrapponendo le sequenze della proteina sperimentalmente validati e la proteina bersaglio , utilizzando il primo come una guida per indicare dove si trovano le caratteristiche chiave, come i domini catalitici o altri importanti elementi strutturali
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Identificare pieghe - Utilizzo di programmi di biologia computazionale , come per filettare o altri software di modellazione basato su UNIX , importare la sequenza ragionata di interesse ed eseguire l'algoritmo di piega - predizione . Questi programmi assegnano un punteggio per le previsioni per indicare che si piega sono le più accurate , che possono verificarsi , stabili , o di altri fattori .