Un allineamento di sequenza è un metodo in bioinformatica che viene utilizzato per analizzare filamenti di proteine (come DNA o RNA ) e di determinare in comune tra le ciocche esaminati . La sequenza di elementi in ogni soggetto, sono normalmente allineati in una matrice in modo da vedere meglio dove ci sono sovrapposizioni . I tipi più comuni di allineamento di sequenze sono allineamento a coppie , allineamento di sequenze multiple e strutturale alignment.Pairwise allineamento
L’assetto a due a due è fatto con due sequenze . Una sequenza è scritto sopra l’altro e poi catene di elementi sovrapposti sono noti . Esistono catene ripetute di elementi in una sequenza , perché erano un adattamento evolutivo favorevole. Non tutte le catene sono della stessa lunghezza e quindi lacune e inserimenti devono essere indicati l’allineamento a coppie .
Multipla Sequence Alignment
un allineamento multiplo di sequenza è simile a due a due allineamento , ma utilizza più di due sequenze proteiche . Un allineamento multiplo di sequenza a volte può essere presentato in maniera albero – forma.
Strutturali Allineamento
L’assetto strutturale è un tipo di allineamento di sequenze che mette a confronto l’ forma di due o più sequenze proteiche . A differenza di allineamento a coppie e allineamento di sequenze multiple ( entrambi i quali riguardano soltanto gli elementi all’interno delle sequenze ) , un allineamento strutturale guarda l’insieme delle sequenze come una singola unità . Allineamenti strutturali non sono scritti , ma devono essere confrontati tridimensionale .