Protocolli ChIP - Seq

Il Progetto Genoma Umano ha completato la sequenza del genoma umano entro la fine del 2003 , fornendo una road map per il futuro della ricerca genetica . Una delle tecniche che sono stati sviluppati per sfruttare questo risultato è ChIP - Seq , una combinazione di cromatina immunoprecipitazione con diverse tecniche di sequenziamento bioinformatici . ChIP - Seq aiuta a determinare quali parti di un genoma specifiche proteine ​​interagiscono con . Immunoprecipitazione della cromatina

ChIP , abbreviazione di immunoprecipitazione della cromatina , determina se una proteina interagisce con i siti specifici su un filamento di DNA . Il processo ha tre fasi fondamentali . In primo luogo , le proteine ​​possono legarsi al DNA all'interno delle cellule viventi . Questo passaggio , a volte chiamato reticolazione , si svolge in formaldeide . In secondo luogo , i filamenti di DNA vengono tagliati in giro per la proteina di legame in modo che questo segmento di DNA può essere analizzato separatamente . In terzo luogo , i pezzi di DNA che la proteina è tenuta a devono essere separati dal resto del DNA . Per raggiungere questo obiettivo , gli anticorpi che si legano alla proteina oggetto di studio vengono introdotti . Questa fase è chiamata precipitazione .
Sequencing

Dopo i segmenti di DNA che la proteina si lega sia stato separato dal resto del DNA , i siti devono essere analizzati per determinare dove erano nel filamento di DNA originale . Questo viene fatto confrontando i fili alla mappa del genoma umano , che fu terminata nel 2003 , o di una simile mappa del genoma se sono allo studio le cellule non umane .
Bioinformatica

ChIP - Seq si avvale di tecniche bioinformatiche per aumentare la velocità e ridurre il costo della ricerca . Tecniche bioinformatiche sono necessarie a causa di due principali complicazioni che sorgono durante il processo di ChIP . A volte i problemi quali la contaminazione sorgono durante il processo di Chip, che può portare a errori quando sequenziamento dei filamenti di DNA che vengono lasciati . Analizzatori di sequenza del genoma sono in grado di pulire i set di dati di punti di dati di bassa qualità . Un'altra complicazione è che le proteine ​​possono legarsi a numerosi siti lungo un filamento di DNA , ma potrebbero non legarsi ad ogni sito con uguale probabilità . Un analizzatore genoma abbinerà i fili per ogni sito lungo il genoma di riferimento e fornire le distribuzioni delle quali siti della proteina è più probabile che associare a . Questi programmi sono anche in grado di fare confronti tra i diversi geni che la proteina si lega a .