Come progettare un Sequencing Primer

Le migliori primer di sequenziamento sono sequenze uniche che tempra solo per il tratto previsto del DNA stampo con precisione a temperatura mid-range . Essi non formano anse a gomito --- cioè , indietro piega e tempra a se stessi --- né si tempra l'altro fondo ( dimeri forma di primer ) . Istruzioni
1

Progettare il primer sulla base di una lunghezza di sequenza di almeno una cinquantina di nucleotidi di distanza dalle estremità del DNA modello che si desidera estendere . Vuoi buona sovrapposizione .
2

Scegli una sequenza che non ha lunghi tratti di qualsivoglia comuni, soprattutto non lunghi tratti di Gs o Cs .
3

Scegli una lunghezza tra i 18 ei 30 nucleotidi di lunghezza con almeno il 40 al 60 per cento contenuto GC . Questo vi darà un punto di fusione ottimale ( Tm ) range compreso tra 45 e 65 gradi Celsius .
4

Assicurarsi la sua sequenza contro sequenze in GenBank per assicurarsi di non aver scelto un sito attivo tale come un dominio comune che sarà privilegiata non specificamente a più geni .
5

Assicurarsi che il 3 ' ( tre primo) fine del fondo non è così pesante in Gs e Cs che si lega a più siti .
6

Scrivi entrambi i vostri primer in 5 ' a 3' ( cinque prime tre prime ) in direzione al momento dell'ordine . Ciò richiederà che si scrive il complemento inverso del primer reverse .